Las instalaciones del antiguo Colegio Militar albergan objetos e imágenes que narran la historia de México desde el momento de la Conquista (1521) hasta el siglo XX. Sus salas abordan los distintos periodos que ha vivido el país a través de muestras de vida cotidiana y de los rasgos sociales, políticos, religiosos y militares que le dieron forma:  

Sala 1 

Separados por un océano, los habitantes de Europa y del continente que más tarde se llamaría América no se conocieron sino hasta finales del siglo XV. En 1492 entraron por primera vez en contacto, lo que marcó el inicio de una nueva etapa de la historia universal.

 Salas 2, 3, 4 y 5 

A lo largo de tres siglos se moldearon las bases de un nuevo pueblo: el del México actual. Los elementos indígenas, europeos, asiáticos y africanos se mezclaron para dar vida a una nueva sociedad multicultural y multiétnica.

En estas salas se abordan temas como la evangelización y las misiones; las ideas que en Europa provocaba el Nuevo Mundo; la transformación del territorio, agricultura, minería y comercio; los cambios que trajo la ilustración en América y las nuevas medidas políticas y económicas que tomó la Corona durante las últimas décadas del virreinato.

Sala 6 

La guerra emancipadora se puede dividir en cuatro grandes periodos: el de mayor extensión geográfica insurgente, con las tropas de Hidalgo (1810-1811); el de mayor intensidad, con Ignacio López Rayón, José María Morelos y otros jefes (1811-1815); el de decadencia y fragmentación, con jefes como Guadalupe Victoria, Manuel Mier y Terán, Xavier Mina y sus compañeros (1815-1819); y el de consumación, con la unión de insurgentes y realistas en el Ejército Trigarante encabezado por Agustín de Iturbide y Vicente Guerrero, y con la adhesión del pueblo al Plan de Iguala y a los Tratados de Córdoba (1821).

Esta sala abarca episodios y fenómenos que sucedieron desde las juntas de conspiración y el llamado a levantarse en armas, hasta la declaración oficial de independencia; y expone tácticas y personajes que destacaron durante el conflicto.

Salas 7 y 8 

No bastó obtener la independencia para formar una nación fraterna. Los nuevos gobiernos del México independiente enfrentaron serios problemas para dotar al país de un sistema político sólido y respetado. Se ensayó la monarquía constitucional, la república federal y la central; cuatro poderes en vez de tres; se promulgaron la Constitución Federal de 1824, la Constitución Centralista de 1836, llamada Las Siete Leyes, las Bases Orgánicas de 1843 y la Constitución Federal de 1857. Todo ello hizo vulnerable a México frente a otras potencias.

En estas salas hay una revisión histórica de las distintas formas de gobierno que se probaron en México durante sus primeros años de independencia, y de los conflictos internacionales en los que se vio envuelto.

 Salas 9 y 10 

El proyecto republicano liberal triunfó sobre el segundo imperio y se consolidó en las siguientes décadas, hasta que fue puesto en tela de juicio en 1910. Gracias a nuevas leyes y a los avances técnicos de la época, a la estabilidad política nacional y a un contexto internacional favorable, entre 1890 y 1910 muchas fábricas, minas y haciendas gozaron de una bonanza hasta entonces desconocida; se garantizó la seguridad en la inversión de capitales, se reordenó la hacienda pública y se fundaron los primeros bancos.

Estas salas se exploran los gobiernos de Benito Juárez, Sebastián Lerdo de Tejada, Manuel González y Porfirio Díaz, y sus consecuencias en la vida política del país.

Sala 14  

Los orfebres y artistas realizaron trabajos que adornaron los hogares y las personas de ayer. Esta sala es una muestra de joyas y lujos de los siglos coloniales y del XIX.