Los antecedentes del Museo se remontan a 1825, año en el que el primer presidente de México, Guadalupe Victoria, ordenó la formación del primer Museo Nacional. Su historia continúa el 4 de diciembre de 1865, cuando el emperador Maximiliano de Habsburgo decreta la creación del llamado Museo Público de Historia Natural, Arqueología e Historia, con sede en la antigua Casa de Moneda. En 1867 este Museo quedó dividido en cuatro secciones: Historia natural, Antigüedades, Historia y Arte. Para 1890, la sección de Historia ya contaba con cinco salas, divididas en: Franciscanos, Virreyes, Cortés, Conquista e Independencia. 

En 1910 las colecciones de Historia Natural se separaron para formar el recién inaugurado Museo de Historia Natural, en la calle de Chopo. Posteriormente, en febrero de 1939, se publicó el decreto en el cual, el presidente Lázaro Cárdenas, ordenó que el histórico Castillo de Chapultepec se convirtiera en sede del Museo Nacional de Historia. Las labores de readaptación para que el edificio incorporara, entre sus muros y columnas, una de las colecciones más ricas y variadas del enorme patrimonio cultural de nuestro país, se prolongó durante cinco años hasta que, el 27 de septiembre de 1944, el Museo abrió sus puertas para dar a conocer la historia y arte de México.